对于初步设计方案中关于厦门同安“天坑”（废弃矿坑）的三种线路方案，铁道部最终做了取舍，决定采用组合方案：即出翔安站后线路南偏，距高速公路200米处上跨324国道，经福厦高速公路马巷出口匝道北侧，沿福厦高速公路右侧行进，穿过高速公路服务站后接上方案终点。国家铁道部认为该方案减少拆迁，提高土地利用价值，同时减少工程投资。

    在初步设计方案中，福州至厦门全程设立14个车站，厦门西站的日发送旅客量在2000人次左右。设计中的福厦铁路是一条以客运为主、兼顾货运的铁路干线，因此还要求厦门对沿线的一些场站进行改建扩建。

    远期厦门站规划改建成有两个基本站台、3个中间站台的大型客运站。以后，厦门西站将建第二客运站，前场站也将结合物流中心扩建。