运营管理方面的挑战：一是运输组织模式不够灵活、运输计划编制与调度指挥相对独立。需要实现运输组织协同，包括运输组织模式协同、运输计划编制协同、调度指挥协同。二是缺乏旅客跨制式出行全过程的行程规划与智能服务，跨制式出行环节重复度高、换乘时间长、衔接不畅，跨制式协同运输服务和信息开放共享程度仍处于较低水平。需要实现服务融合与信息共享。三是各轨道交通网络面对的风险不完全相同，存在各制式接口不互通、应急预案不联动、状态感知不全面的问题。需要建立多制式轨道交通的安全保障与应急处置联动机制，实现不同运营主体、不同运营场景以及产生风险或发生事故等干扰条件下的协同应急指挥和实时协同调整。

 

　　体制机制方面：需要解决跨城市、跨区域政府间的协调问题；需要搭建一个融合各参与主体的协同机制，加强轨道交通主管部门、运营单位与民众之间的联系；需要研究制定一套轨道交通协同运输与服务激励约束考核办法；要做好顶层设计，制定三网融合的鼓励政策，吸引社会力量参与；需要明确政府机构的职责，并充分发挥专业优势；需要统筹技术标准和建设时序，制定相关规范、指导意见和管理制度。

 

　　此外，市域铁路在支撑社会可持续发展和自身可持续发展方面也面临一些挑战，比如区域协调、空间结构优化、安全运营、投融资等。