城市轨道交通创新发展中面临的挑战主要来自两个方面。科技创新方面：城市轨道交通技术水平不是越先进越好，要坚持“安全、先进、实用、经济”的原则。大数据收集应用、云计算要在国家层面建立统一管理的模式，避免重复投资建设造成浪费。制度创新方面：网络化阶段管理需要创新，线网规划就要考虑网络化管理架构、建设布局和分期建设方案。  另外，轨道交通不是越多越好，轨道交通进入大客流网络阶段，采用了信息化管理技术，能不能三级管理改变为两级管理；三、四线城市达不到建设地铁、轻轨的标准要求，能不能就修建一条轨道交通线等，都是我们需要好好研究的问题。