韩国托运人协会于2006年2月声明，俄罗斯泛西伯利亚铁路集装箱运费的大幅度上涨，导致韩国托运人因此增加集装箱运输额外物流成本5314万美元。为了减少集装箱运输成本，韩国托运人将不得不把大批原本交付西伯利亚铁路运输的集装箱转回到远洋运输航线。

　　目前，俄罗斯泛西伯利亚铁路集装箱运量终于恢复到前苏联全盛时期水平，而且从俄罗斯远东港口至俄罗斯西北部靠近芬兰的边境城市的全程铁路集装箱运输只需要两周即可完成。但是随着越来越多的远洋承运人抱着降低集装箱运输成本的目的而不断扩大使用欧亚之间的泛西伯利亚铁路大动脉的时候，泛西伯利亚铁路集装箱运价却开始上涨。

　　从俄罗斯远东的纳霍德卡至俄罗斯西部的布列斯特的泛西伯利亚铁路重箱运费，20英尺集装箱运价2005年为287美元，2006年元旦起调整为586美元，净增299美元，上涨幅度为104.18%。而40英尺集装箱运价2005年为569美元，2006年元旦起调整为1171美元，净增602美元，上涨幅度为105.80%。

　　从俄罗斯远东的纳霍德卡至俄罗斯西部的布列斯特的泛西伯利亚铁路空箱运价，20英尺集装箱2005年为73美元，2006年元旦起调整为为484美元，运费净增411美元，增长幅度为561.61%。40英尺集装箱2005年为111美元，2006年元旦起调整为967美元，运费净增856美元，增长幅度为772.02%。

　　铁路集装箱运价在跨越日历年度的一天内如此疯狂上涨大概只有在俄罗斯泛西伯利亚铁道线上才能看到。上述仅仅是铁路集装箱运费项目，如果加上泛西伯利亚铁路两端以外的港口码头装卸费，海运费，卡车运输费等等，集装箱运输的实际费用要翻倍。

　　俄罗斯货运代理协会不久前表示，泛西伯利亚铁路集装箱运费的不断上涨已经制约了运量的增长。2005年1月至11月泛西伯利亚铁路集装箱运量为81450标准箱，与2004年同比下降17.9%。货量下降的原因不仅包括泛西伯利亚铁路集装箱运价逐步上涨，铁路运输服务质量不稳，经营管理混乱，缺乏协作精神，而且集装箱铁路运输的各种运费和名目繁多的附加费跟着出台，铁路运营时间表无保障等等原因。尤其令人发指的是，俄罗斯海关当局可以为某一个无关紧要的差错，而随意扣留铁路运输集装箱2个星期后才考虑发行，造成承运人和托运人蒙受巨大的经济损失。

　　眼前唯一可以吸引远洋承运人和托运人把大量集装箱集装箱运量从海运转到泛西伯利亚铁路线的因素就是进一步提高西伯利亚铁路集装箱运输速度，效率和效益。现在俄罗斯欧洲地区从远东进口集装箱的西向航线远洋运费重箱平均运价为2985美元，低于通过西向泛西伯利亚铁路运费（包括返箱费）加上港口码头等费用总额的3120美元（其中包括铁路运输和两端配送等其它运输等各种费用），不过远洋运输的路程和时间确实超过泛西伯利亚铁路运输。但铁路运费的疯涨正在抵消速度带来的竞争优势，部分货物考虑重新回到海运方式。