日本国土交通省2006年1月15日最终决定2006年日本国内新干线线路的修建费为2300亿日元，其中国家投资预算为706亿日元，其余款项由新干线沿线各地方机关团体出资。2006年新干线线路修建费预算与2005年新干线线路修建费基本持平。由于2006年既有新开工建设的北海道方面、北陆方面2条新干线路段，又有2005年未完工的遗留路段即：北海道方面的新青森至新函馆段、东北方面的八户至新青森段、北陆方面的长野至金泽段、九州方面的鹿儿岛至熊本4条建设中的路段。为加快遗留路段的施工建设，日本国土交通省计划加大对这些建设中的路段的投资，新青森至新函馆段的国家建设费比去年扩大了一倍，为60亿日元、八户至新青森段的国家建设费增加了20亿日元、长野至金泽段的国家建设费比去年也扩大了一倍为70亿日元、因此日本政府做出的公共项目投资比2005年削减3%的计划难以完成。