南通市轨道交通近期建设方案市区线路共涉及2条，分别为1号线一期和2号线一期。各条线路的工程概况如下：

 

　　轨道1号线一期：线路全长39.15公里，共设25座车站，其中地下线34.75公里，地面及高架线路4.4公里；1座车辆段、1座停车场、2座主变电所（1 座与3号线合建，1座与2、3号线合建）及相配套的车辆和机电设备。控制中心与2、3、4 号线合建。1号线一期起于南通西站，沿长泰路东行，穿越地块后，经永和路至城港路后折向东至外环西路，之后线路向东转入人民路，线路沿人民路向东至工农路，沿工农路南行至崇川路后线路折向东，沿崇川路经南通大学至通盛大道，沿通盛大道向南至能达商务区，设振兴路站为一期终点站。1号线一期沪通铁路至G204、城北大道区段为高架线，其余均为地下线。工程在通州区平东镇沪陕高速以北，五平公路以西、通扬运河以东设平东车辆段与综合基地。在通州区与开发区交界处，东快速路以东，通沪大道以北设小海停车场。

 

　　轨道2号线一期：线路全长20.4公里，共设16座车站，其中地下线19.1公里，地面及高架线路1.3公里；1座车辆段，1座主变电所（与1、3号线合建）及相配套的车辆和机电设备。控制中心与1、3、4号线合建。轨道2号线一期起于幸福镇站，向南连接南通火车站，出站后沿北大街南行，过江海大道线路向西折向濠西路，沿濠西路向南接入环西文化广场站，线路沿濠河继续南行至体育公园并设站，线路折向东沿青年路至先锋镇，设先锋镇站为一期工程终点。2号线一期南通东站站－先锋镇区段采用高架形式，其余均为地下线。工程在港闸区幸福镇通刘公路以东，城北大道以北，沪陕高速以南设定修段—幸福车辆段。