站台上矗立着银灰色的钢结构遮阳顶棚，崭新的月台一直延伸到南站主站屋的“腹地”。10月15日上午，轨道交通三号线（明珠线一期）上海南站站将恢复运营，已淡出申城市民视线近两年的三号线终点站，又将重新加入紧张忙碌的交通网络。
    作为上海铁路南站工程的重要组成部分，为配合南站工程建设，轨道交通三号线上海南站站2003年12月31日开始停运，进行封站施工，并缩线至石龙路站。2004年12月18日恢复及改建施工开始。这是继轨道交通一号线南站站改建工程结束后，上海建工集团总公司与地铁建筑有限公司共同完成的又一项目。经过近10个月的紧张施工，该工程的各项施工任务如期完成。
    改建后的轨道交通三号线上海南站站位于铁路上海南站南广场，铁路站屋下方，地下一层为站厅层，地下二层为站台层（长148米、宽10米），总建筑面积约3000平方米，与在建的铁路南站接通。今后，在地下，广大市民可通过地下换乘通道实现轨道交通一号线与三号线之间的“零距离换乘”；在地面，铁路上海南站可通过站前广场和出入口通道进入三号线，实现换乘。
    据悉，重新改建后的轨道交通三号线上海南站站在装饰上选用了阻燃、耐潮、防腐、无毒、易清洁的材料，为旅客营造了简洁、明快、舒适的乘车环境。其钢结构雨蓬设计更是一大亮点，整个雨蓬采用氟碳喷涂钢结构，顶面为钢化玻璃，充分体现出了城市的现代感和透明感。与此同时，上海建工集团还完成了改建后的轨道交通三号线上海南站站与南站南广场间的地面联系通道。